秘书处
领导全院日常工作；负责起草和制定全院发展战略、中长期规划及重大改革方案；负责起草和制定年度工作计划、财务预算及决算报告；负责重要规章制度的制定与修订；决定重大投资项目、合作项目及资产处置事项；制定全院绩效考核方案，决定全院绩效考核结果；决定全院机构设置和人员设置；决定全院处室正职及以下职工的录用、晋升、考核、任免、处分、辞退和开除；承担法律法规及章程规定的其他职责。
理事会执行委员会
在理事会闭会期间执行理事会的职权；召集和主持理事会会议；审议全院发展战略、中长期规划及重大改革方案；审议年度工作计划、财务预算及决算报告；审议和修订研究院章程；任免秘书长、副秘书长；任免理事会执行委员会主席、副主席；决定个别理事会执行委员会委员的任免；增补和罢免理事；撤销秘书处的决定；承担法律法规及章程规定的其他职责。
